L'incognita più grande oggi sono le
varianti del Covid: monitorarle nel tempo è essenziale per
valutare la diffusione di ceppi più aggressivi e consentire,
dunque, lo sviluppo di vaccini sempre più efficaci. Proprio per
assicurare un'elevata efficienza del sistema di monitoraggio
delle varianti, e avvalendosi di apparecchiature altamente
sofisticate, nei laboratori di Mercogliano (Avellino)
dell'Istituto Pascale per la cura dei tumori, diretti da Nicola
Normanno, è stato messo a punto un protocollo di sequenziamento
rapido del virus, che consente di avere la completa successione
virale entro 24 ore dal tampone molecolare. Lo studio, che porta
la firma di una giovane farmacologa, Anna Maria Rachiglio, è
stato pubblicato sulla rivista scientifica Journal of
Translation Medicine.
"Lo studio - dice la trentanovenne ricercatrice - ha per la
prima volta descritto la tipologia di varianti di SARS-CoV-2
nella Regione Campania rivelando la presenza di una notevole
eterogeneità di ceppi virali fin dalla prima fase della
pandemia. I dati sono relativi al sequenziamento del genoma del
virus ottenuto da tamponi molecolari, raccolti nel periodo
compreso tra marzo ed aprile 2020, di individui residenti
principalmente tra le provincie di Napoli e Caserta".
La nuova tecnologia è stata possibile grazie all'utilizzazione
di un sequenziatore di ultima generazione ad elevata
automazione, il Genexus, di cui il Pascale è stato uno dei primi
centri in Europa a dotarsi. Il Genexus è un un sistema di Next
Generation Sequencing completamente automatizzato e ad elevata
processività in grado di sequenziare fino a 32 campioni in 24
ore. "L'utilizzazione di un sistema high-throughput - continua
la Rachiglio - ha, infatti, consentito di poter velocizzare
notevolmente il sequenziamento rispetto alle procedure standard
e di ottenere il genoma virale completo anche di campioni che
presentavano un bassissimo numero di copie del virus".
Dal confronto tra le sequenze ottenute ed il genoma di
riferimento Wuhan-Hu-1 è stata rilevata la presenza di 48
varianti nucleotidiche, per la maggior parte osservate nelle
regioni ORF1ab e Spike, di cui 12 mai rilevate prima. In
particolare, la maggior parte dei campioni provenienti dall'area
di Napoli appartengono a 7 differenti cluster, un dato coerente
con quanto ci si aspetta possa accadere in zone ad elevata
densità abitativa.
I risultati ottenuti sono il frutto della collaborazione tra
Pascale, Università Federico II e l'Istituto Superiore di
Sanità, grazie ad un finanziamento della Regione Campania. Al
progetto fortemente voluto dal direttore scientifico
dell'Istituto dei tumori di Napoli, Gerardo Botti, hanno
partecipato, a vario titolo, Ernesta Cavalcanti, Luca De Sabato,
Cristin Roma, Michele Cennamo, Mariano Fiorenza, Daniela
Terracciano, Raffaella Pasquale, Francesca Bergantino, Gabriele
Vaccari, Giuseppe Portella, Nicola Normanno.
Intanto l'attività di monitoraggio delle varianti continua
presso il Pascale che sta coordinando uno studio per la
caratterizzazione dei ceppi virali causa di infezione in
pazienti oncologici ed operatori sanitari. "La ricerca - dice il
direttore generale del polo oncologico partenopeo, Attilio
Bianchi - ha oramai superato approcci divisivi, per assumere
sempre più un preciso significato sistemico. Il Covid ha
funzionato da catalizzatore, enfatizzando in maniera decisiva e
definitiva l'osmosi tra le conoscenze. Complimenti al gruppo di
lavoro che ha prodotto questa ricerca e a tutti quelli che ogni
giorno ci aiutano a cercare nuove strade".
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