Tre-quattro giorni di lavoro per
arrivare dal tampone positivo al Sars-CoV-2 all'analisi
dettagliata del genoma, il sequenziamento che permette di
individuare se si tratti del virus che provoca il Covid già
conosciuto o di qualche variante, nota o completamente nuova.
Una complessa attività che ora svolge in autonomia anche
l'Azienda ospedaliera di Perugia grazie a un gruppo di lavoro
attivo nel laboratorio di Microbiologia. Grazie anche a un
sofisticato apparecchio sequenziatore presente al Centro di
ricerca emato-oncologico.
"Il primo passo è la selezione dei tamponi positivi che
meritano di essere sequenziati, ad esempio perché legati a un
caso clinico molto grave" ha spiegato Antonella Mencacci,
responsabile del laboratorio di Microbiologia e docente
dell'Università degli Studi di Perugia. "Dobbiamo quindi
estrarre l'Rna - ha aggiunto - il genoma del virus, che però non
può essere sequenziato. Bisogna passare quindi al Dna
complementare, con un processo di retrotrascrizione, che va
amplificato".
"Il genoma del Sars-CoV-2 - ha spiegato Roberta Spaccapelo,
associato di Microbiologia all'Università degli Studi di Perugia
e che guida il gruppo di lavoro impegnato nel sequenziamento -
non è grandissimo ed è formato da circa 30 mila paia di basi che
però non possono essere sequenziate direttamente. Abbiamo quindi
la necessità di amplificarlo in tanti piccoli frammenti, 98, per
migliaia di volte. Prepariamo 'la libreria' e sequenziamo tutti
i 98 frammenti. Il risultato viene automaticamente caricato su
una piattaforma online nella quale un software permette di
riallineare tutti i frammenti, di ricreare la sequenza completa
del genoma. Possiamo quindi ricercare eventuali mutazioni".
Mencacci e Spaccapelo hanno sottolineato il supporto dato al
laboratorio dalla Regione, dall'Azienda ospedaliera e
dall'Università di Perugia.
La direttrice della Microbiologia ha evidenziato anche come il
sequenziamento permetta di tenere sotto controllo la situazione
del virus sul territorio. "Vengono selezionati - ha detto - i
casi clinici più gravi, le reinfezioni a breve, quelle che si
verificano quando in seguito alla terza dose di vaccino ci si
aspetterebbe il massimo dell'immunità o in presenza di cluster".
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