La Basilica di San Francesco sorge nel luogo di una chiesa più antica, costruita poco dopo il 450 per volere del Vescovo Neone. L'edificio del V secolo venne demolito e sostituito da una chiesa più grande, con alta torre campanaria. La nuova Chiesa passò all'ordine francescano nel 1261; nel 1321, vi furono celebrate le esequie di Dante Alighieri. Tra i secoli XVII e XVIII, la Basilica venne più volte restaurata e arricchita di decorazioni e altari barocchi. Il restauro più importante fu quello del 1793, di Pietro Zumaglini. Tra il 1918 e il 1921, in vista del VI centenario della morte di Dante, l'edificio venne radicalmente restaurato eliminando tutte le aggiunte barocche: la facciata è a salienti, con paramento in mattoni a vista. Al centro si apre un semplice portale con arco a tutto sesto sormontato da una bifora. Ai due lati, sono posti due sarcofagi antichi in marmo. L'interno è suddiviso in tre navate mediante due serie di archi a tutto sesto sorretti da dodici colonne per lato. Lungo la navata destra, si aprono tre cappelle: la terza risale al 1532 e presenta una cupola affrescata da Andrea Barbiani e, sull'altare, il dipinto di una "Madonna col Bambino tra Santi" di Gaspare Sacchi. In fondo alla navata centrale si trova l'abside semicircolare, al cui centro è l'altare maggiore, costituito dal sarcofago del Vescovo Liberio III (inizi del V secolo). Al disotto del presbiterio si trova la Cripta del IX-X secolo, raggiungibile tramite una doppia rampa di scale, ma non accessibiele. La Cripta è a tre navate, coperta con volte a crociera sorrette da quattro colonnine a capitelli geometrici, e un pavimento a mosaico.