Il Museo è situato sull’isola di San Pantaleo l’antica Mozia, nello stagnone di Marsala. che fu acquistata da Giuseppe Whitaker imprenditore di origine inglese, studioso e archeologo, agli inizi del novecento. Esso accoglie numerosi reperti frutto degli scavi condotti dal Whitaker sull’isola, a Birgi e Lilibeo, o pervenuti per donazione o acquisto.