Contiguo al Parco Archeologico, il Museo nasce nel 1952 per esporre le metope e gli altri materiali provenienti dagli scavi dell’Heraion, il tempio di Hera Argiva edificato dai coloni greci alla foce del Sele. Realizzato su progetto dell’arch. M. De Vita, viene presto ampliato per l’esposizione dei reperti rinvenuti negli scavi delle necropoli e della città antica. Nel 1999 il museo viene riorganizzato con un nuovo settore dedicato alla fase della città romana ed un allestimento a rotazione dei materiali meno rilevanti. Nel 2009 è stata allestita la sezione preistorica. Il percorso si snoda su due piani dell’edificio con sezioni ordinate topograficamente e cronologicamente. All’ingresso è sistemato, in sospensione a riprodurre la collocazione originaria, il ciclo delle metope arcaiche – un tempo attribuito al piccolo tempietto (thesauros) del santuario del Sele - databili al 570-560 a.C. e raffiguranti scene della saga di Eracle ed altri episodi mitici mentre, nella sala accanto, sono esposte le più recenti metope del tempio maggiore dell’Heraion raffiguranti fanciulle danzanti in abiti ionici (500 a.C.), altri elementi architettonici ed i votivi rinvenuti nel santuario (tra i quali la piccola statua marmorea di Hera in trono di fine V – inizi IV a. C. ). Proseguendo nella galleria, una sezione illustra le fasi più antiche della città di Poseidonia, con l’allestimento dello splendido corredo di vasi in bronzo (sei hydriai e due anfore) e ceramica dell’Heroon, edificio di culto dell’agorà, forse consacrato all’ecista, mentre la sezione successiva è dedicata ai santuari urbani - quello settentrionale, di Atena (esposizione di elementi architettonici e terrecotte votive) e quello meridionale (oggetti votivi, oltre al celebre disco d’argento con dedica ad Hera, al cippo con dedica a Chirone ed al cd. Zeus in terracotta di influsso ionico) – ed ai luoghi di culto del territorio. Il settore successivo è dedicato alle necropoli: una selezione di corredi illustra le trasformazioni dei costumi funerari tra VI e IV a. C. per proseguire, al termine del corridoio, con la famosa Tomba del Tuffatore, del 470 a.C. circa, un unicum per l’epoca, che presenta le quattro lastre laterali con scene di banchetto mentre il coperchio raffigura un giovane che si tuffa, al quale si è dato un significato simbolico di passaggio al mondo dei morti. L’illustrazione delle necropoli continua nel corridoio successivo, con una scelta di lastre dipinte riferibili alle tombe lucane di IV a.C. - con le scene tipiche del defunto in armi a cavallo (ritorno del guerriero), di giuochi funebri e, per le tombe femminili, di attività domestiche - e termina con l’allestimento della tomba a camera di Agropoli, affrescata, con doppia deposizione maschile e femminile. Ritornando alla sale delle metope, si accede alla sezione dedicata alla scrittura ( stele con dedica in osco di un magistrato lucano a Zeus) ed all’artigianato, con l’esposizione della ricca produzione pestana a figure rosse (di rilevanza l’anfora firmata da Python con la nascita di Elena e l’oinochoe con il giudizio di Paride del cd. pittore di Afrodite). Al secondo piano la nuova sezione romana illustra le trasformazioni avvenute con la deduzione della colonia di Paestum nel 273 a.C.: alla statua bronzea di Marsia, copia della statua dedicata nel Foro romano, seguono statue di marmo, altorilievi, epigrafi, alcune con dedica a importanti personalità cittadine oltre ad oggetti domestici e ad un tesoretto di circa 700 monete d’argento. Infine, nella galleria superiore, è allestita la sezione preistorica che illustra le dinamiche del popolamento nel territorio pestano dall'Età della Pietra sino alla tarda Età del Ferro con particolare rilievo alla necropoli eneolitica scoperta in località Gaudo, illustrata anche attraverso la riproduzione in scala di una tipica tomba a grotticella.