Aperto nel 1961 il museo raccoglieva fino al 1978 preziose opere (dipinti del Seicento, affreschi staccati e suppellettili liturgiche) del convento francescano. Ma a seguito del furto avvenuto in quell'anno (furono rubate anche una bellissima croce in cristallo di rocca e miniature duecentesche) il museo fu chiuso in attesa di un nuovo allestimento. La riapertura è avvenuta nel 2002. Posto all'interno del Santuario è composto da grandi sale quattrocentesche e da ambienti significativi dell'antica vita del convento. Il percorso si conclude con l'ambiente più caratterizzante, il fuoco comune, luogo di raccoglimento, nelle gelide serate invernali, dei frati intorno a frate focu.